厦门国家会计学院于2005年起与厦门大学联合培养会计硕士，成为国内首批开展会计硕士专业学位教育工作的单位。2011年3月，经国务院学位委员会批准，学院被增列为硕士专业学位授予单位，开始独立开展会计硕士专业学位研究生教育工作，并相继获得税务、审计两个硕士专业学位授予权。

长期以来，我院研究生学位教育在“诚信为本，操守为重，坚持准则，不做假账”校训的引领下，充分利用学院作为国内高层次财经财会人才重要培养基地所具备的丰富经验和比较优势，借力学院五个研究中心和四个研究所组成的财经智库体系，即：“一带一路”财经发展研究中心、中国财务舞弊研究中心、预算绩效与政府会计研究中心、ESG研究中心、中国特色社会主义财税研究中心；财务会计与审计研究所、管理会计与财务管理研究所、财政与税收研究所、经济管理与金融研究所，以人才培养模式改革为基础，以教育质量提高为核心，以创新实践能力提升为重点，开展会计（MPAcc）、税务（MT）、审计（MAud）专业学位教育，致力于培养立足中国实际、兼具国际视野的，在复杂的经济、社会和技术环境中，具备制定战略、进行决策能力的高层次、应用型、国际化的复合型高端财经人才。

目前，学院与澳大利亚科廷大学、爱尔兰都柏林大学、新加坡管理大学等海外高校长期开展稳定、常态化的国际交流和国际合作；2019年学院成为会计专业学位教育质量认证（AAPEQ）A级成员单位；多届研究生毕业论文入选全国会计硕士专业学位优秀论文和福建省优秀毕业论文；三个专业项目的招生规模逐年递增，生源质量稳步提升，管理体系不断完善，特色明显、成效显著。

学院研究生学位教育工作由学院研究生处承办，本处室下设招生就业、教学管理、学位管理、学生工作、留学项目五个职能办公室。